De Mokbaai is ontstaan nadat De Hors, inmiddels natuurgebied maar destijds slechts een zandplaat, in 1749 aan het eiland vastgroeide. Voor die tijd was De Mokbaai een waterweg: het Spanjaardsgat. Het Spanjaardsgat werd in de achttiende eeuw steeds ondieper, maar met de komst van De Hors bleef slechts het zuidoostelijke deel van de vaarroute open. Zo ontstond De Mokbaai, die al rap droog dreigde te gaan liggen. Omdat het gebied ’s winters een belangrijke haven was voor koopvaardijschepen, werd in 1846 een stuifdijk aangelegd aan de zuidelijke kant. Nu wordt de vaargeul naar De Mokbaai diep gehouden door deze af en toe uit te baggeren.
Foerageergebied
De Mokbaai bestaat grotendeels uit kwelders met veel zeekraal. Bij eb valt het gebied bijna volledig droog. De wadplaat is dan terrein voor rustende vogels. Vogels zijn in De Mokbaai eveneens graag te vinden bij hoog water – om te foerageren. Bijvoorbeeld lepelaars en grote sterns, die in De Mokbaai graag een stekelbaarsje komen vissen. Aan de andere kant van de dijk liggen verschillende vogelreservaten, waar de watervogels broeden en rusten. De dijk biedt een perfect uitkijkpunt over De Mokbaai en de aangrenzende vogelreservaten. Voor vogelaars zijn mei, september en oktober de beste maanden om bijzondere trekkende vogels te spotten.
Militair oefenterrein
Aan de Mokbaai ligt het militair oefenterrein de Joost Dourleinkazerne. Mariniers gebruiken De Mok om te trainen en oefeningen te doen. Naast voor militaire doeleinden, wordt De Mokbaai regelmatig gebruikt voor onderzoek door biologen van onder meer het NIOZ, het onderzoeksinstituut dat gevestigd is op ’t Horntje.
